Bien que correctement arrosée par les pluies, avec une moyenne annuelle régionale de 850 mm, la Bourgogne n’en présente pas moins, dans le domaine quantitatif, un certain nombre de handicaps liés à sa position géographique et à sa structure géologique.

Avec un point de partage des eaux entre la Manche, l’Atlantique et la Méditerranée (le fameux "point triple" de Meilly-sur-Rouvres en Côte d’Or), la Bourgogne recouvre trois grands bassins hydrographiques :

 celui de la Seine, au Nord : 13 040 km² soit 41 % de la superficie de la région, (la Seine prend sa source en Côte d’Or... !)
 celui de la Loire, au Sud-Ouest : 10 000 km², soit 32 %,
 celui du Rhône, via la Saône, à l’Est : 8 550 km² soit 27 %.

Centre de dispersion des eaux, les cours d’eau bourguignons sont des petites rivières. Seules les bordures sud-ouest et est de la région voient s’écouler des grands cours d’eau, venant de l’extérieur de la région : La Saône et la Loire.

Cette position géographique, entraîne une divergence des écoulements avec pour corollaire, une multitude de petits cours d’eau aux débits peu soutenus, pouvant se trouver en difficulté dès qu’une sécheresse de plusieurs semaines survient.La région Bourgogne n’est, donc, pas un château d’eau (qui stocke l’eau), mais plutôt un toit à trois pentes, sur lequel ruissellent les eaux.

De plus, les petits cours d’eau bourguignons restent très sensibles aux pollutions. Conséquence des rejets domestiques, des effluents industriels, du lessivage des engrais et des produits phytosanitaires, ces pollutions perturbent les équilibres naturels. Elles constituent également un facteur de risques de contaminations des nappes d’eaux souterraines.

La grande diversité des formations géologiques et leur arrangement autour du Morvan, entraîne une très large diversité des conditions de gisement des eaux souterraines. On ne trouve pas en Bourgogne de grandes nappes aquifères, à l’exception des vallées alluviales des grands cours d’eau (Loire, Saône, Yonne), et de la nappe de la craie au nord.

Partout ailleurs, ce ne sont que des aquifères plus ou moins étendus, souvent fractionnés et discontinus.

Les rivières dont le bassin versant est imperméable (marnes de l’Auxois et du Bazois, granite du Morvan...) peuvent avoir des réactions brutales en cas de fortes précipitations : Yonne, Armançon, Serein, Ixeure....

De même les cours d’eau issus du karst (massif calcaire fissuré), peuvent voir leurs débits gonflés par la vidange des aquifères souterrains (la Seine, l’Ource...). Le karst est très sensibles aux pollutions, car il n’y a aucun "filtre" naturel s’opposant à la circulation souterraine des eaux. Les réserves restent, sauf exception, relativement faibles, et des tarissements de source y sont choses courantes.

Les rivières drainant la craie du nord de l’Yonne, sont au contraire des cours d’eau à fortes réserves souterraines, donc à régime "tamponné", sans grandes extrêmes (crues, sécheresses).

Une eau de plutôt bonne qualité, mais des points sensibles et fragiles de part leurs positions (têtes de bassins, agglomérations...).
De nombreux cours d’eau ont un niveau de qualité satisfaisant, en particulier dans le bassin de la Seine mais il reste toujours des secteurs fortement dégradés (matières organiques et phosphore) en aval de certaines agglomérations et dans les zones viticoles. La contamination par les nitrates est forte dans les zones de grandes cultures.
Avec une moyenne annuelle régionale de 850mm de pluie, le volume d’eau tombé en Bourgogne tous les ans en moyenne peut être estimé à 27 milliards de m3 ! Les pertes par évapotranspiration entament nettement ce capital : plus de 17 milliards de m3 s’évaporent tous les ans en Bourgogne (équivalent à 550mm de pluie). Les écoulements annuels moyens se chiffrent à 10 milliards de m3.
Mais il ne faut pas perdre de vue, que ces chiffres sont des moyennes, qui masquent une large variabilité des valeurs instantanées. Qui plus est, la répartition au cours de l’année est irrégulière. Chacun sait, en Bourgogne, que les crues se produisent plutôt au printemps ou à l’automne (plus rarement en hiver), et que les étiages (niveau d’eau les plus bas) se retrouvent en été, mais peuvent perdurer au delà de cette saison.

L’eau est un bien précieux, qui peut devenir rare à certaines époques de l’année. Il faut bien la gérer, rechercher à l’économiser et éviter de la polluer.